O CPDA mantém sua estrutura básica de funcionamento com recursos da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro e do Programa de Apoio à Pós-Graduação – Proap/Capes.

Além disso, tem recebido suporte financeiro por meio de editais da FAPERJ de apoio a programas de pós-graduação.

As pesquisas dos professores, quando dispõem de financiamento, também têm contribuído com recursos para manutenção e aquisição de material de consumo.