O Jardim Botânico/UFRRJ foi fundado em 1980 e inicialmente instituído como Órgão do Instituto de Biologia (Atual Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde), para servir às aulas e disciplinas oferecidas pelo Departamento de Botânica aos diversos cursos relacionados, bem como à pesquisa. Posteriormente, passou à administração direta da Reitoria Universitária e ainda ao Decanato de Extensão (Atualmente Pró-Reitoria de Extensão), estando atualmente subordinado a Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação desde o ano de 2005. Além da Educação Ambiental, nesse último período as atividades de pesquisa passaram a ocupar cenário de destaque no Jardim Botânico/UFRRJ, como apontam as leis federais e convenções e normas internacionais que tratam dos Jardins Botânicos.
Visando o cumprimento das metas assumidas internacionalmente, a legislação brasileira estabeleceu as normas de funcionamento dos Jardins Botânicos nacionais, nas quais aqueles que almejam seu registro federal devem se enquadrar. Para sua comprovação, além de todos os documentos ligados a sua fundação, estrutura, administração, funcionamento, missão, metas e todas as informações relacionadas as diferentes coleções de plantas, devem ser comprovados. Dentre os inúmeros quesitos obrigatórios, é imperativo a comprovação de plantio de mudas de espécies nativas e do desenvolvimento de atividades de pesquisa e de educação ambiental. O Registro oficial do Jardim Botânico da UFRRJ junto ao Ministério do Meio Ambiente na Categoria C foi finalmente obtido em 2012, aprovado sem pendências, juntamente com outros jardins botânicos brasileiros.
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