O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (Cepe), instituído em 1975, é o órgão deliberativo superior da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro para todas as questões relativas ao ensino, à pesquisa e à extensão. Suas reuniões são mensais (sessões ordinárias) e, sempre que necessário, são convocadas reuniões extraordinárias.